La Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales reconoce su primer antecedente en el año 1957 en la Escuela de Asistentes Sociales, creada por Decreto Ley Nº 192/57 y denominada a partir del año 1965 como Instituto de Servicio Social. Dicho instituto, fue cerrado en el año 1968, año en el que se procede a la apertura de la Escuela de Servicio Social dependiente en la Universidad Nacional del Nordeste.

En el año 1974 y por Resolución Nº 211/74 de la Universidad Nacional del Nordeste, la Escuela de Servicio Social fue transformada en la Facultad de Ciencias Sociales.

Por otro lado, en el año 1961, fue creado por el Gobierno de la Provincia de Misiones el Instituto Superior del Profesorado, que pasó a depender de la Universidad Nacional de Misiones el 20 de Abril de 1974.

En el año 1980, la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales se conformó finalmente como unidad académica de la Universidad Nacional de Misiones, a partir de la fusión de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad Nacional del Nordeste y del Instituto Superior del Profesorado de la Universidad Nacional de Misiones, mediante el Decreto Nacional Nº 2425/80.